Represas geralmente alagam terras cobertas por algum tipo de vegetação. A cobertura vegetativa varia em quantidade de material vegetal, ou biomassa, presente por hectare. No geral, metade da biomassa vegetativa é composta de átomos de carbono. Quando áreas são alagadas (ou desmatadas na antecipação do alagamento) a biomassa é quebrada e os átomos de carbono se unem aos de oxigênio para formar dióxido de carbono, o causador de gases do efeito estufa. Vegetação alagada também produz metano, um causador ainda mais potente do efeito estufa.

Grandes reservatórios em áreas de florestas tropicais liberam grandes quantidades de gases do efeito estufa, enquanto reservatórios pequenos em áreas de vegetação esparsa liberam relativamente pequenas quantidades de gases causadores do efeito estufa. O resultado líquido do efeito estufa em uma represa nova depende se as emissões por unidade de energia gerada é maior ou menor do que de outras formas de energia que seriam provavelmente usadas caso a represa não fosse construída.

Leia um livro intitulado "Desmatamento Tropical e Mudança Climática", que mais profundamente explora a ligação entre a destruição da biomassa e as emissões de gases de efeito estufa.
Li um artigo sobre desmatamento na Amazônia.

Table source: http://cdiac.ornl.gov/epubs/ndp/global_carbon/tables.html#tables